Dès le début du XIXe siècle les chefs de famille du Moulin-à-Vent demande l’autorisation de construire une chapelle car l’église de Vénissieux se trouvait à 5 km. Cette demande est restée sans réponse de la part du Préfet de l’Isère et de la commune. En 1865, avec la complicité du curé de Vénissieux, la population prend les choses en main. De généreux habitants, les époux Montagneux et époux Gonnet font une donation de terrains à l’évêque de Grenoble afin d’édifier une église aux frais des habitants du Moulin-à-Vent.
M. l’abbé Robin, archiprêtre de Villeurbanne, et M. Veyre, curé de Vénissieux, souhaitent créer deux nouveaux centres de cultes l’un à Saint-Fons et l’autre à Moulin-à-Vent. Ils estimaient beaucoup le père Chevrier qui avait élu domicile pour ses temps de retraite sur leur territoire. Ils auraient bien vu le père Chevrier prendre en charge, avec ses collaborateurs le Moulin à Vent, secteurs maraîchers en pleine croissance, et peut-être aussi Saint-Fons. Une lettre du 5 décembre 1865 du père Chevrier à André Gourdon précise les contacts qu’il avait sur cette mission avec l’abbé Robin et qu’il avait accepté cette charge.
La mission se concrétise pour le Moulin-à-Vent. Bien que ce lieu ne soit qu’à quelques kilomètres du Prado ce territoire se trouvait sur le diocèse de Grenoble. Mgr Jacques Ginouihac, alors évêque de Grenoble, écouta M. Robbin et demanda au cardinal de Bonald, archevêque de Lyon, d’accorder au père Chevrier l’autorisation d’assumer cette charge. C’est le vicaire général Pagnon qui donna une réponse positive à la demande de confier « provisoirement des fonctions de desservant » au père Chevrier.
C’est avec beaucoup d’enthousiasme et de joie que le père Chevrier s’engage dans cette mission, heureux de chercher à y mettre en pratique un règlement des paroisses qu’il avait écrit pour d’autres prêtres diocésains souhaitant vivre de la même grâce que lui et dans lequel il indiquait des orientations missionnaires et un style de de vie pour des prêtres pauvres pour les paroisses.
Les Frères de Saint-Jean-de-Dieu vinrent superviser les travaux. Des catholiques fervents, des voisins mirent la main à la pâte. Les fondations sont creusées au printemps 1866 par les pensionnaires de l’asile psychiatrique de Saint-Jean-de-Dieu, puis un maçon vénissian, Joseph Forest, élève les murs en pisé. La nouvelle église reçoit sa cloche, fondue par le Lyonnais Morel, cette cloche raisonne encore dans le clocher de l’église actuelle.
L’église de l’Immaculée-Conception est bénite le dimanche 9 décembre 1866. Le père Chevrier y établi une crèche, comme au Prado.